Фамилия Конокотин образована от прозвища Конокота. Её основа составная: первая часть восходит к слову «кон», которое в древнерусском языке означало «начало, предел, межа», а также «ряд, порядок, очередь». В калужских говорах «кон» имело значение «очередь, гибель». Возможно, в основе лежит глагол «конить» — перекидывать палку при игре в бабки, или «конать» — кричать, шуметь, тревожить. Вторая часть, «кот», в большинстве случаев связана с домашним животным. Прозвища с этим корнем давали лукавым, хитрым людям, а также торгашам, которые разъезжали по деревням и меняли безделушки на кошек, чтобы потом выделывать кошачий мех.

Не исключено, что вторая часть восходит не к животному, а к слову «коты» — невысокие сапоги или башмаки. Тогда прозвище мог получить сапожник, изготавливающий эту обувь, или человек, который её носил. Таким образом, Конокотом могли называть и игрока, картежника, шулера, и торговца.

Модель образования фамилии — патронимическая, с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Конокотин, то есть потомок Конокота. Это типичный для русских фамилий способ, когда прозвище отца переходило к детям с прибавлением притяжательного суффикса. Фамилия редкая, и её основная сложность — в неочевидном значении исходного прозвища, которое допускает сразу несколько версий: от указания на род занятий (торговля, сапожное ремесло) до характеристики человека (хитрец, забияка).