Фамилия Конакотина звучит непривычно, но её разгадка лежит на поверхности: это женская форма фамилии Конакотин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Конакота. Сама основа Конакот(а) — явный тюркизм. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «кунак» (или «конак») означает «гость». Суффикс -от/-ат в русских фамилиях встречается редко, он характерен для прозвищ, образованных от глаголов или существительных с помощью уменьшительных или уничижительных формантов. Таким образом, Конакота — это, скорее всего, прозвище человека, который часто ходил в гости, любил принимать гостей или, наоборот, был пришлым, «гостем» в чужой деревне.

Вероятнее всего, фамилия Конакотин/Конакотина имеет восточное, поволжское происхождение. В XVI–XVII веках в центральной России активно селились выходцы из Казанского и Астраханского ханств, а также служилые татары. Прозвище Конакота могло закрепиться за человеком, который был пришлым, «гостем» в данной местности, или за тем, кто держал постоялый двор. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Конакотин, то есть сын или потомок Конакоты. Женская форма Конакотина, соответственно, означает «дочь или жена Конакотина».

В русских говорах слово «конак» могло переосмыслиться и зазвучать как «конакота» — возможно, с ироничным оттенком. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Конаков и Кунаков встречаются гораздо чаще, и их значение прозрачно («гостевой»). Конакотина стоит особняком: редкий суффикс -от- делает фамилию более «индивидуальной», словно прозвище было не просто описательным, а эмоционально окрашенным — возможно, так дразнили назойливого гостя или, напротив, хлебосольного хозяина.

Географически фамилия Конакотина сегодня встречается в основном в центральных областях России, в Поволжье и на Урале, что подтверждает её тюркские корни. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до однодворцев, но наиболее вероятно — это крестьянская или мещанская фамилия, поскольку прозвищные формы с суффиксом -от- обычно бытовали в простонародной среде.