Фамилия Конаева — женская форма от Конаев, и её происхождение почти наверняка связано с тюркским миром. Вопреки интуитивному ожиданию, корень здесь не «конь», а личное имя или прозвище.

Основа фамилии — тюркское имя Конай. Оно состоит из двух частей: «кон» (кровь, родня, а также широкое понятие «день» или «солнце» в некоторых диалектах) и аффикса «-ай», который в тюркских языках часто образует ласкательные или уменьшительные имена. Буквально Конай можно перевести как «родной», «кровный», а в более поэтичном ключе — «солнечный» или «светлый». Встречается и другая версия: от глагола «кону» — «останавливаться на ночлег», то есть Конай могло быть прозвищем приезжего человека или того, кто давал ночлег путникам.

Русский суффикс -ев (в женском варианте -ева) присоединился к основе по стандартной модели, означающей принадлежность: «чей?» — Конаев, то есть сын или потомок Коная. Фамилия характерна для народов Поволжья, Урала и Казахстана, где сильно тюркское влияние. У русских она встречается реже и чаще всего указывает на смешанные браки или обрусение татарских, башкирских или казахских родов.

Интересная деталь: в казахском языке фамилия пишется как Қонаев (с твёрдым «Қ») и широко известна благодаря Динмухамеду Кунаеву, многолетнему руководителю Казахской ССР. Однако в русской записи «Конаева» ударение обычно падает на второй слог — Ко-на́-ев, тогда как в тюркском произношении ударным чаще бывает последний слог.

Сословно фамилия не закрепилась за каким-то одним классом: Конаевы могли быть и крестьянами, и казаками, и служилыми людьми. Единственное, что объединяет всех носителей, — тюркский корень, уходящий в кочевую культуру, где имя человека часто описывало его характер или родственные связи.