Фамилия Конаковы — типичная русская фамилия, образованная от прозвища или имени родоначальника с помощью патронимического суффикса -ов. Он указывает на принадлежность: «чей?» — «Конаков», то есть сын или потомок Конака. Это самая распространённая модель русских фамилий, характерная для центральных областей России и севера.

Главная версия происхождения связывает прозвище Конак с тюркским словом konak. В турецком языке оно означало «дом сановника» или «резиденцию местных властей», а у сербов и других южных славян «конаком» называли княжеский дворец. Если следовать этой логике, Конаком в народе могли прозвать либо хозяина богатого дома, либо человека, который такие дома строил, — зодчего или архитектора. Эта версия выглядит правдоподобной, учитывая активные контакты русского населения с тюркскими и южнославянскими культурами.

Владимир Даль в своём словаре приводит иное, исконно русское значение слова «конак» — «друг, приятель, товарищ, с кем водишь хлеб-соль». В этом случае прозвище могло закрепиться за общительным, гостеприимным человеком. Такое объяснение проще и органичнее для крестьянской среды, где фамилии и возникали чаще всего.

Менее убедительна гипотеза, выводящая фамилию от крестильного имени Конон (греч. «трудящийся, трудолюбивый»). Фонетически «Конак» от «Конон» отстоит далеко, и для такого перехода нет убедительных диалектных или исторических оснований. Скорее всего, это случайное сближение.

Фамилия Конаковы фиксируется в разных регионах, но особенно часто встречается в Тверской области — не в последнюю очередь благодаря городу Конаково. Однако сам город получил название по фамилии владельцев земель, а не наоборот. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс шёл несколько столетий, и разные ветви Конаковых могли появиться независимо друг от друга в разных местах.