Фамилия Конакаев — редкий случай, где первая версия, приходящая в голову, почти наверняка ошибочна. Несмотря на созвучие со словом «конь», связь с лошадьми здесь вторична или вовсе отсутствует. Основа фамилии — тюркское мужское имя Конак, которое в переводе с многих тюркских языков (татарского, башкирского, казахского) означает «гость», «путник», «постоялец». Имя давали в надежде, что ребёнок будет желанным и принесёт в дом достаток, либо же ребёнку, родившемуся, когда в доме были гости. Таким образом, Конакаев — это буквально «сын Конака».

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Фамилия характерна для татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Урала. В русском языке имя Конак могло переосмыслиться как «коняка» (лошадь), но это народная этимология, не имеющая отношения к первоначальному смыслу.

В среде казаков или крестьян юга России фамилия могла возникнуть и от прозвища Конак — так называли пришлого человека, чужака, не имеющего своего дома. В этом случае прозвище давали не по профессии, а по социальному положению: бродяга, захожий человек. Однако версия с именем Конак надёжнее и подтверждается массовостью подобных фамилий (Конаков, Конаковский) среди крещёных татар.

Фамилия не слишком распространена, но встречается в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане. В дореволюционных источниках фиксируется также написание Конакаевъ. Интересно, что ударение в фамилии вариативно: в среде татар чаще ставят на последний слог (Конака́ев), а в русском окружении — на второй (Кона́каев).