Фамилия Конокова — женская форма фамилии Коноков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Конок. Слово «конок» в русских говорах имело несколько значений, и, чтобы понять, кем мог быть предок, нужно разобраться в географии и контексте.

Самая распространённая и прозрачная версия связывает фамилию с тюркским словом «конок» (или «конак») — гость. В тюркских языках это слово также могло означать «постоялец», «путник», а в переносном смысле — «радушный хозяин», «тот, кто принимает гостей». Фамилии с основой «конок» (Коноков, Конаков) характерны для народов Поволжья, Приуралья и Северного Кавказа — у татар, башкир, кумыков, ногайцев. Если предки Коноковых жили в этих краях, их предок мог получить прозвище за гостеприимство или, наоборот, за то, что часто бывал в гостях, был заезжим человеком.

Вторая версия — чисто русская, диалектная. В некоторых областях (например, в рязанских и тамбовских говорах) «конок» — это уменьшительное от «конь», то есть конёк, лошадка. Прозвище Конок могли дать человеку низкорослому, подвижному или тому, кто работал с лошадьми — конюху, извозчику. В этом случае фамилия Коноков — аналог более известной фамилии Коньков, но с другим суффиксом.

Суффикс -ов/-ев в фамилии Коноков указывает на стандартную русскую патронимическую модель (сын Конока). Однако, если фамилия тюркского происхождения, то суффикс мог быть добавлен уже в русской среде при оформлении документов. Написание через букву «о» в корне — устойчивое, без вариантов «Конаков», что говорит о фиксации именно в таком виде.

География фамилии Коноков (и Конокова) сегодня разбросана: встречается в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, Ставропольском крае, а также в центральных регионах России. Это подтверждает смешанное происхождение — часть носителей тянется к тюркским корням, часть — к русским диалектным.

Спорных версий здесь немного: иногда фамилию ошибочно связывают с греческим «конак» (жильё) или пытаются вывести из редкого календарного имени, но таких имён в святцах нет. Самая правдоподобная гипотеза — тюркская, с оговоркой на возможное русское диалектное происхождение в отдельных родах.