Фамилия Коногина — женская форма фамилии Коногин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Коногин буквально значит «сын Коноги» или «человек из рода Коноги». Основа здесь — прозвище или мирское имя Конога, которое и определило судьбу фамилии.

Что такое Конога? В русских говорах слово «конога» имело несколько значений, и самое вероятное связано с конным делом. Коногой могли назвать человека, который ходит за лошадьми, конюха, или же того, кто торгует лошадьми, барышника. В некоторых диалектах «конога» означала также «конный воин» или «всадник», но это значение встречалось реже. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, имел прямое отношение к лошадям: либо работал на конюшне, либо промышлял конной торговлей. Менее распространённая версия связывает «коногу» с диалектным «коног» — короткий шест или рычаг, но в этом случае прозвище могло относиться к человеку долговязому или неуклюжему, что менее правдоподобно, учитывая частоту «лошадиных» фамилий в крестьянской среде.

Географически фамилия Коногин тяготеет к центральным и северным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одной из деревень Владимирской, Костромской или Ярославской губерний, где коневодство было традиционным занятием. В этих местах слово «конога» могло закрепиться как прозвище, а затем и как фамилия, перейдя по наследству.

С точки зрения словообразования, фамилия Коногин стоит в одном ряду с такими «лошадиными» фамилиями, как Конев, Коняев, Жеребцов, Лошаков. Но если Конев образована напрямую от «конь», то Коногин — через более редкое прозвище, что делает её менее типичной и более индивидуальной. Встречаются и однокоренные фамилии Коногов, Коножин, но все они редки и, вероятно, восходят к тому же диалектному корню.

Социальный состав носителей фамилии Коногин был, по всей видимости, крестьянским или однодворческим. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века эта фамилия встречается у государственных крестьян, реже — у мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «ремесленное» происхождение: предки Коногиных не владели землями, а кормились трудом, связанным с лошадьми.