Фамилия Коногин на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем неожиданный выбор. Её основа — «Коног» — не встречается в современных русских именах или прозвищах, а значит, ключ к разгадке лежит в диалектах или профессиональной лексике.

Самый прямой путь — связать фамилию с конём. В северных и сибирских говорах словом «коног» (или «коняга») называли не просто лошадь, а старую, рабочую, измученную лошадь, клячу. Прозвище Коног могли дать либо крестьянину, который держал такую лошадь, либо, что вероятнее, самому человеку — за его внешнюю худобу, измождённость или медлительность. Такие прозвища по сходству с животным — обычное дело для русской антропонимии XVII–XVIII веков.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Коногин — «сын Конога» или «человек из семьи Конога». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный (ср. Дружинин, Коровин). Модель древняя и недворянская: такие фамилии в основном складывались в крестьянской и посадской среде.

Есть и другая, более редкая версия. В некоторых диалектах «коног» могло означать не лошадь, а особый род упряжи или конскую сбрую — возможно, деталь хомута или седла. В этом случае Коногин — потомок мастера-шорника, который делал эту деталь. Гипотеза менее вероятна, но не исключена: прозвища по ремеслу часто давали по одному предмету труда.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России — Вологодчине, Костромской, Архангельской землям. Там слово «коног» в значении «плохая лошадь» фиксируется в этнографических записях XIX века. В южнорусских говорах эта лексема почти не встречается, что делает фамилию маркером северного быта.

Сословное происхождение, скорее всего, крестьянское или однодворческое. Владельческие фамилии на «-ин» у дворян редки, а Коногин не встречается в родословных книгах древних родов. Это фамилия человека, чей предок жил в деревне, работал с лошадьми и получил прозвище, которое закрепилось на века.