Фамилия Коногов образована от прозвища или мирского имени Коног. В русских говорах «коног» — это конный воин, всадник, а также человек, который ухаживает за конями, конюх. В некоторых диалектах слово имело значение «конокрад», но эта версия менее распространена и скорее вторична. Основа фамилии — «кон-» (от «конь») плюс суффикс «-ог», который встречается в древнерусских прозвищах (сравните: «босог» от «босой», «слепог» от «слепой»). Такая словообразовательная модель редка и указывает на архаичность фамилии.

Суффикс «-ов» в окончании — типичный русский патронимический формант, означающий принадлежность: «чей?» — Коногов, то есть сын Конога, потомок человека с прозвищем Коног. Фамилия закрепилась в центральных и южных регионах России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где коневодство и конная тяга были основой хозяйства. Предки Коноговых с высокой вероятностью были конюхами, коновалами или служилыми людьми при конных дворах.

Фамилия Коногов — самобытный памятник славянской культуры, сохранивший связь с бытовым укладом и военным делом прошлого. Именования, построенные по той же модели («конь» + суффикс + «-ов»), встречаются у восточных, западных и южных славян, но именно русская форма с суффиксом «-ог» — редкость. Окончательно установить точное время и место возникновения фамилии можно только на основе генеалогических разысканий, однако её корни уходят в допетровскую эпоху, когда прозвища по роду занятий были главным способом идентификации человека.