Фамилия Коногорова — женская форма фамилии Коногоров. Её основа ставит перед исследователем редкую задачу: слово «коногор» не встречается ни в древних словарях, ни в современных говорах. Это не ремесло и не занятие, а, скорее всего, прозвище, сложенное из двух корней: «конь» и «гора». В русской ономастике такие двукорневые фамилии, образованные от прозвищ, всегда указывают на яркую, запоминающуюся черту человека.

Самое простое объяснение — человек, живший на горе, где паслись кони, или владевший конным выпасом на возвышенности. Но есть и более интересная версия. В народной речи «гора» могла означать не только возвышенность, но и верхнюю часть чего-либо, а «конь» — не только животное, но и деталь ткацкого стана, кровельного конька или даже крупный камень. Прозвище Коногор мог получить человек с крутым, «горным» нравом, которого сравнивали с норовистым конём. В этом случае фамилия не географическая, а характеризующая.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества или фамилии по отцу: «чей?» — Коногоров, то есть сын Коногора. Такая форма была распространена в центральных и северных губерниях России, где прозвища часто становились фамилиями без дополнительных суффиксов вроде -ин или -ский.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с конным делом или переселенческими группами, где прозвища такого типа были живы. В дореволюционных источниках носители Коногоровы числились чаще среди государственных крестьян и мещан, то есть людей, не принадлежавших к дворянству, но и не крепостных.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В фамилии Коногорова оно, скорее всего, падает на последний слог — Коногоро́ва, хотя в некоторых говорах могло смещаться на второй — Коного́рова. Разница не меняет смысла, но показывает, как устная традиция варьирует произношение редкой фамилии.