Фамилия Колногорова образовалась от прозвища Колногор. Вероятно, оно восходит к топониму Колмогоры. Это административный центр и крупнейший населённый пункт Холмогорского района Архангельской области. Таким образом, подобное прозвище мог получить выходец из этой местности. Село Колмогоры (а затем и Холмогоры) известно с XIV века. Первая деревянная крепость новгородцев появилась в конце XIV — начале XV века. В 1613 году выстроен четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями; 8 декабря того же года кремль успешно выдержал осаду польско-литовского войска. В 1492 году из Колмогор вышел в Данию морским путём морской караван с зерном для продажи на европейских рынках. Колмогоры вошли в историю России XVIII в. в результате дворцового переворота 1741 г., как место ссылки так называемого «Брауншвейгского семейства». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Колногор, со временем получил фамилию Колногоров. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Колногоровых можно лишь на основании генеалогических исследований.