Фамилия Колногорова — одна из тех русских фамилий, где за привычным звучанием скрывается географическая подсказка. В её основе лежит прозвище Колногор, которое, скорее всего, связано не с «колом» или «горой», а с известным северным топонимом — селом Колмогоры (позже — Холмогоры). Разница в написании «Колно-» вместо «Колмо-» объясняется просто: в народной речи звуки могли сливаться, упрощая трудное для произношения сочетание «лм». Так выходец из тех мест получал прозвище Колногор — «тот, кто с Колмогор», а его дети уже записывались как Колногоровы.

Холмогоры (Колмогоры) — место с богатой историей, уходящей в XIV век. Именно отсюда в 1492 году отправился первый русский морской караван с зерном в Данию, а деревянный кремль, построенный в 1613 году, выдержал осаду польско-литовского отряда. В XVIII веке село стало местом ссылки свергнутого «Брауншвейгского семейства» — родственников малолетнего императора Ивана VI. Поэтому фамилия Колногоров может указывать на предка, который жил в этом стратегически важном и исторически насыщенном регионе Русского Севера.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ов присоединился к прозвищу на твёрдый согласный, что типично для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. Фамилия недворянская, не искусственная — она родилась из бытового указания на место жительства или происхождения. Окончательно определить, в каком именно поколении и веке закрепилась фамилия Колногоровых, можно только через генеалогические изыскания, но её связь с Холмогорской землёй — самая надёжная и логичная версия.