Фамилия Коногорская — одна из тех, что не даёт однозначного ответа о своём происхождении, зато предлагает две равновероятные версии. Первая ведёт к топониму Коногоры. В России есть несколько деревень с таким названием, например, в Кирово-Чепецком районе Кировской области. В этом случае фамилия указывает на уроженца этих мест: предок получил прозвище Коногорский, а закрепившаяся фамилия просто ответила на вопрос «откуда родом?». Суффикс -ск- здесь типичен для географических фамилий, особенно распространённых в дворянской и духовной среде, хотя в данном случае сословную принадлежность первых носителей мы не знаем.

Вторая версия — профессиональная. Коногорами на рудниках и шахтах называли рабочих, которые управляли лошадьми, поднимавшими руду на поверхность. Слово составное: «конь» и «гора» (то есть «гоняющий коня в горе»). Прозвище Коногор могло перейти в фамилию напрямую, без топонимической приставки, а форма Коногорская могла появиться позже, когда дети или жена Коногора получили фамилию по его прозвищу. Эта версия правдоподобна для регионов с развитой горнодобычей — Урала или Сибири.

Архивные документы подтверждают сибирский след фамилии. В Книге памяти Иркутской области записаны Коногорский Иван Андреевич (1870 г. р., Восточно-Сибирский край, Братский р-н, с. Ключи-Булак), Коногорский Иван Петрович (1897 г. р., там же) и Коногорский Николай Дмитриевич (1888 г. р.). Все они родились в одном районе, что делает версию о локальном гнезде фамилии очень устойчивой. При этом определить, откуда именно пришли их предки — из кировских Коногор или из шахтёрского прошлого, — без дополнительных генеалогических изысканий сложно.