Фамилия Конжукова — женская форма, а мужская, Конжуков, образована по простой и прозрачной модели: от прозвища или имени Конжук с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Конжуков буквально значит «сын Конжука». В русской ономастике такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по имени или прозвищу отца.

Корень фамилии — Конжук — звучит необычно для русского уха, и это ключ к разгадке. Скорее всего, перед нами тюркское или кавказское прозвище. В тюркских языках «конжы» (или «конжу») — уменьшительное от «кон» (кровь, родич) или от «конь» (кочевье, стоянка). Другая версия: основа восходит к тюркскому «конжак» — «сосед», «близкий человек». В таком случае Конжуком могли прозвать пришлого человека, который поселился рядом, или, наоборот, того, кто славился гостеприимством и держал дом открытым для путников.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским словом «конжук» — так в некоторых говорах называли вид кожаного мешка или сумы. Тогда прозвище мог получить кожевник или торговец, носивший такой мешок. Однако фамилия редкая, и её география тянется скорее к южным и восточным регионам России — к местам, где исторически смешивались славянское и тюркское население: Поволжье, Урал, Причерноморье.

В дворянских родословных книгах Конжуковы не значатся — фамилия явно крестьянская или казачья. Её носители, скорее всего, были вольными поселенцами, служилыми людьми на окраинах государства или крестьянами, получившими фамилию от отца с тюркским прозвищем. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: каждый Конжуков — часть узкого, но живого родового древа.