Фамилия Коркодин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с человеком, а с животным. Вопреки возможной догадке, корень здесь не имеет отношения к крокодилу. Это более древняя и чисто славянская история.

Основа фамилии — слово «коркод» или «крокод». В древнерусских диалектах так называли неясыть, то есть крупную сову. Птица эта не пользовалась доброй славой: её считали вещей, крик её предвещал беду, а сама она ассоциировалась с ночью и одиночеством. Прозвище Коркода, а затем и Коркодин, мог получить человек угрюмый, нелюдимый, либо тот, кто, по народным поверьям, обладал каким-то тайным знанием.

Суффикс -ин указывает на принадлежность. В старину на вопрос «чей ты?» отвечали: «Коркодин сын». Значит, предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Коркода. Обратите внимание на ударение: в фамилии оно почти всегда падает на последний слог — Коркоди́н, что типично для фамилий, образованных от нецерковных имён с суффиксом -ин.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Вологодской губерниях, где диалектное слово «коркод» сохранялось дольше всего. В этих краях прозвище могло закрепиться не только за человеком, но и за целым родом, живущим в глухих лесных местах.

Есть и другая, менее убедительная версия: связь с тюркским словом «корк» (пугаться, бояться). Тогда Коркодин — «сын пугливого». Но она слабее, потому что не объясняет характерный для русских фамилий суффикс -ин при тюркской основе: в таких случаях чаще появлялось -ов (Корков). Первая версия, со старорусской совой, и по географии, и по словообразованию выглядит надёжнее.