Фамилия Корнишкина — редкая и нестандартная. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, она образована по модели, характерной для северных и сибирских говоров: суффикс -к- (как в «Корнишка») плюс притяжательный -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Корнишкин, то есть сын или дочь Корнишки. Основа здесь — уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Корнилий. В народной среде имя Корнилий часто сокращали и переиначивали: Корней, Корнюха, Корниша, а форма Корнишка — это не просто уменьшительное, а скорее прозвищное, даже с оттенком фамильярности.

Разберёмся с ударением. В фамилии Корнишкина ударение, скорее всего, падает на второй слог — Корнишкина, хотя в разговорной речи не исключён вариант на первый слог (Корнишкина). Это зависит от местной традиции произношения. Сама фамилия — женская форма; мужской вариант — Корнишкин. Встречается она прежде всего на Русском Севере и в Поволжье, где были сильны старообрядческие общины, а имя Корнилий (святой Корнилий Сотник) почиталось особенно.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах слово «корнишка» могло быть прозвищем для человека с крупными или кривыми ногами (от диалектного «корень» — нога, бедро). Но связь с каноническим именем Корнилий выглядит гораздо убедительнее: ономасты (в частности, Б. Унбегаун) отмечают, что именно от народных форм календарных имён возникло большинство русских фамилий с суффиксом -ин. Так что предок носительницы фамилии Корнишкина, скорее всего, звался в быту Корнишкой — и это имя закрепилось за его потомками.

Сравните с однокоренными фамилиями: Корнилов, Корнеев, Корнюхин. Корнишкина стоит особняком — её окончание -шкин выдаёт не просто «сына Корнилия», а «сына Корнишки», то есть человека, которого в деревне называли по-свойски, с пренебрежительно-ласковым оттенком. В этом и заключается уникальность: фамилия сохранила живую, нелитературную форму имени, которая в письменных источниках почти не встречается.