Фамилия Корнышкина — женская форма, а её основа мужская — Корнышкин. Сама фамилия образована от прозвища или имени Корнышка, а то, в свою очередь, — от имени Корней. Это типичная для русских фамилий модель с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Корнышкин, то есть сын Корнышки.

Имя Корней — это народная форма канонического имени Корнилий (от латинского «cornu» — рог). В русском языке имя обросло уменьшительными и пренебрежительными формами: Корнейка, Корнюшка, Корныш, Корнышка. Последняя форма, с суффиксом -ышк-, звучит ласкательно, но могла относиться к ребёнку или молодому человеку. В старых документах встречаются записи вроде «Корнышка Иванов сын» — это означало, что человека звали Корнышкой, а его сын уже значился Корнышкиным.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с диалектным словом «корныш» — в некоторых говорах так называли коротышку, человека невысокого роста. Однако чаще всего ономасты (например, в работах Б. Унбегауна) склоняются к тому, что основа фамилии — производная от крестильного имени. Фамилия Корнышкин встречается реже, чем Корнеев или Корнилов, что как раз и выдаёт её неофициальное, бытовое происхождение: прозвище Корнышка давали в деревне, а в документах позже закрепили как фамилию.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где имя Корней было особенно распространено среди крестьян. В сословном плане — это однозначно крестьянская фамилия: дворянские роды чаще образовывали фамилии от полных форм имени (Корнильев, Корнилов).