Фамилия Корнишкова — женская форма фамилии Корнишков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь нестандартная: не привычные -ов/-ев или -ин, а суффикс -ов, который присоединён к основе, уже имеющей суффикс -ишк-. Это уменьшительно-уничижительная или ласкательная форма (ср. «домишко», «мальчишка»). То есть в основе лежит прозвище Корнишко — уменьшительное от имени Корнил (каноническое Корнилий, в народе часто звучало как Корней). Таким образом, Корнишков буквально означает «сын Корнишки» или «потомок того, кого звали Корнишко».

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище Корнишко могло образоваться от слова «корень» (в значении «коренной житель», «основательный человек») с тем же уменьшительным суффиксом. Однако ономастика обычно отдаёт предпочтение антропонимической основе — от имени, а не от нарицательного слова, если не прослеживается явной профессиональной или географической привязки. В данном случае имени Корнилий (Корней) было широко распространено в крестьянской среде, и уменьшительные формы от него дали множество фамилий: Корнеев, Корнилов, Корнильев, Корнюхин и, конечно, Корнишков.

Географически фамилия Корнишкова встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это зона бытования «окающих» говоров, где суффикс -ишко в прозвищах был обычным явлением. В южных и сибирских регионах фамилия редка. Это позволяет предположить, что родоначальники Корнишковых были крестьянами или посадскими людьми Русского Севера, где фамилии часто формировались не от полного имени, а от бытового уменьшительного прозвища, которое закреплялось за главой семьи.

С точки зрения социального контекста, фамилия Корнишков — не дворянская и не купеческая. В ревизских сказках и переписях XVIII–XIX веков носители этой фамилии числятся среди государственных или помещичьих крестьян, реже — среди мещан. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Корни́шков (от прозвища Корни́шко), хотя в некоторых говорах возможно смещение на последний слог. Вариант написания с одной «н» (Корнишков) является исторически верным, хотя в современных документах из-за ошибок паспортистов встречается искажённое «Корнишкова» с двойной «н» — это уже вторичное явление, не связанное с этимологией.