Фамилия Кощенец — редкий пример, где географическое прозвище почти наверняка перевешивает все другие версии. В её основе лежит название населённого пункта: Кошенец или Кощенец. Такие топонимы встречаются в западных и южных областях бывшей Российской империи — на Украине, в Беларуси и в Польше. Если человек носил фамилию Кощенец, его предок, скорее всего, был выходцем из села или хутора с таким именем. Суффикс -ец в данном случае работает как указатель на место: «тот, кто родом из Кощенца».

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия образована от прозвища Кощенец. В русских говорах слово «кощь» или «коща» могло означать «кость, остов», а также «скупой, скряга» (от «кощей»). Однако прямое прозвище «Кощенец» в значении «худой как кость» или «скупой» не зафиксировано в источниках как распространённое. Версия с топонимом выглядит убедительнее: таких фамилий на -ец, образованных от названий деревень (Белозерец, Городец, Остроженец), в русской ономастике множество.

Обращает на себя внимание окончание -енец, а не более привычное -овец или -инец. Оно указывает на мягкую основу исходного названия (Кощенец, а не Кощенево). Это характерно для западнорусских и украинских земель, где топонимы на -ец особенно часты. В центральной России фамилию, скорее всего, переделали бы в Кощенев или Кощенков — но этого не произошло, что дополнительно подтверждает её «географическое» происхождение.

Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть разной: от крестьян до однодворцев или мелкой шляхты, если село Кощенец находилось на территории бывшей Речи Посполитой. Но без конкретных записей по населённому пункту утверждать что-либо определённо нельзя. Фамилия остаётся локальной и редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если найти на карте свой Кощенец, история рода прояснится сама собой.