Фамилия Коштункова — редкий пример, где словообразовательная модель указывает на южнорусское или украинское происхождение. Суффикс -ук/-юк (в форме Коштунок) типичен для западно- и южнославянских фамилий, а затем адаптирован русским патронимическим суффиксом -ов. То есть сначала существовало прозвище Коштунок, а от него уже образовали фамилию Коштунков, женская форма — Коштункова.

Разбираем основу. Самое прямое объяснение — от глагола «коштовать». В словаре Даля он означает «угощать, потчевать». Если предок был хлебосольным человеком, любил принимать гостей, его могли прозвать Коштунком. Но есть и другое значение того же глагола, зафиксированное в вятских говорах: «знать, смыслить». Тогда прозвище получал человек сметливый, сообразительный.

Третья версия уводит в украинский язык, где «коштувати» значит «стоить, иметь цену» или «требовать расходов». В этом случае Коштунок — «профессиональное» прозвище, которое могли дать торговцу, человеку, хорошо знающему цену товарам. Из трёх гипотез эта выглядит наиболее убедительной: именно торговые прозвища часто закреплялись в фамилиях и не теряли связи с родом занятий.

География фамилии тоже подсказывает, что корни — в южных регионах бывшей Российской империи или на Украине. Модель на -ук/-юк там встречается гораздо чаще, чем в северных и центральных областях. Так что, скорее всего, предки Коштунковых — выходцы с юга, возможно, из среды мелких торговцев или зажиточных крестьян, чьё прозвище со временем превратилось в наследственное именование.