Фамилия Кошуняева — редкий и яркий пример того, как в русской ономастике закрепилось прозвище, образованное от глагола с экспрессивным суффиксом. Её основа — «кошун-», которая восходит к глаголу «кошунить» или «кощунствовать» (говорить неподобающе, святотатствовать, насмехаться над святынями). В древнерусском языке «кощуна» означала «басня, небылица, богохульная речь». Соответственно, Кошуня — это человек, который любил отпускать колкие шутки, рассказывать небылицы или, в более мягком смысле, был острым на язык балагур.

Обратим внимание на суффиксальную модель. Фамилия оформлена по типу «-ев/-ёв» (от основы на мягкий согласный), но ключевой элемент — это суффикс «-ун-» в прозвище Кошуня. В русской антропонимии суффикс «-ун-» часто придавал прозвищу оттенок деятеля, склонного к действию: говорун, ворчун, молчун. Кошуня — тот, кто постоянно «кошунит», то есть балагурит или, напротив, допускает резкости в речи. Это не фамилия от крестильного имени (как Иванов или Петров), а от прозвища по черте характера или речевому поведению.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где диалектное слово «кощуна» было в ходу. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном бытовании прозвища. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Кощунов, Кощеев (от того же корня «кощ-», но с разными суффиксами). Кошуняева стоит в этом ряду особняком из-за уменьшительно-ласкательного или пренебрежительного оттенка суффикса «-я».

По сословной принадлежности предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на «-ев» в этой среде закрепились позже, чем у дворян, — в XVII–XVIII веках. Прозвище Кошуня могли дать не в церковной среде, а в быту, и оно не несло обязательной негативной окраски: в народной культуре острослов и балагур ценился, хотя церковь относилась к «кощунам» строго. Таким образом, Кошуняева — это фамилия-характеристика, рассказывающая о предке, который не боялся говорить то, что думал, и, возможно, за это и получил своё прозвище.