Фамилия Костиник образована от имени собственного, а точнее — от народной, обиходной формы крестильного имени Константин. В её основе лежит не просто «Костя», а более редкая и архаичная форма — Костиня. Если «Костя» — это привычное сокращение, то «Костиня» звучит как ласкательный или даже уважительный вариант, который бытовал в северных и центральных говорах. Суффикс -ик в конце фамилии — указательный: он буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Костиник — это «сын Костини», то есть потомок человека, которого в быту звали не просто Костей, а именно Костиней.

Само имя Константин пришло на Русь вместе с христианством из Византии и означает «стойкий», «постоянный». Но в фамилии, как это часто бывает, закрепилась не книжная, а живая, разговорная форма. Интересно, что суффикс -ик в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Обычно он характерен для западнорусских и украинских земель (сравните с фамилиями Петрик, Иваник), а также для фамилий, которые записывались в церковных книгах с указанием на родство без притяжательного суффикса. Поэтому Костиник — фамилия не массовая, а довольно редкая, с чёткой семейной историей: предка звали Костиня, и его дети пошли по прозвищу «Костиниковы дети», которое со временем сократилось до современного звучания.

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам России, а также к Белоруссии. Встречается она и у поляков — в форме Kostynik или Kościńik, что подтверждает её древнее, ещё дославянское происхождение от имени Константин, которое в католических землях также давало множество производных. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти единичные упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией, но массового распространения она не получила — скорее всего, потому, что форма Костиня была локальной и не закрепилась повсеместно.

Других версий происхождения, кроме как от имени Константин, у фамилии Костиник нет. Иногда её ошибочно связывают со словом «кость» (мол, предок был костлявым или работал с костью), но это лингвистически неверно: суффикс -ик в этом случае дал бы фамилию Костик, а не Костиник. Форма на -иник однозначно указывает на имя Костиня, а не на предмет. Так что носитель фамилии может с уверенностью сказать: его предок носил имя Константин, но в том народном, тёплом варианте, который сейчас почти забыт.