Фамилия Костушкина образована от прозвища или нецерковного имени, которое в основе своей содержит слово «костушка». В русских говорах у этого слова было несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, нужно присмотреться к суффиксу и региональной привязке.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Костушкин — сын Костушки. Сама же основа «костушк-» — это уменьшительно-ласкательная форма от «костуха» или «костуля». В диалектах костухой называли клюку, палку, посох, а костулей — человека, который ходит с костылем или прихрамывает. Таким образом, Костушка — это либо человек с характерной походкой, либо тот, кто пользовался тростью, либо прозвище, данное в насмешку над медлительностью.

Есть и другая версия, менее очевидная. В некоторых областях «костушка» означала небольшую кость, косточку, а также игру в бабки (где использовались кости животных). Прозвище Костушка мог получить либо костлявый человек, либо любитель этой игры. Однако первое значение — «хромой» или «ходящий с костылем» — встречается в ономастической литературе чаще и считается более вероятным.

Фамилия Костушкина — женская форма от Костушкин. Мужской вариант фиксируется в основном в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Новгородских и Вологодских землях, где диалектная лексика сохранилась лучше. Встречаются также однокоренные фамилии Костухин, Костулин, Костушев — все они восходят к тому же корню «кост-» в значении «кость, костыль».

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: прозвища, образованные от физических особенностей или бытовых предметов, редко давались дворянам. Изначально Костушкин — это не наследственное имя, а уличное прозвище, которое закрепилось за родом после отмены крепостного права, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищу главы семьи.