Фамилия Костюшкинова — женская форма от Костюшкинов, и её разбор стоит начать с суффикса, который в русских фамилиях встречается нечасто. Модель на -инов (а не на стандартное -ов или -ин) указывает на происхождение от прозвища, образованного с помощью суффикса -ин или -ын (Костюшка → Костюшкин), к которому затем добавили ещё один патронимический суффикс -ов. Такая двойная суффиксация — признак того, что фамилия закрепилась относительно поздно, скорее всего, в среде крестьян или однодворцев южнорусских и поволжских губерний, где подобные «наращения» встречаются чаще, чем на севере.

Основа фамилии — Костюшка, уменьшительная форма от крестильного имени Константин (через народные варианты Костя, Костюк, Костюша). Имя Константин (от лат. constans — «постоянный, твёрдый») было очень популярно в православной среде, и его производные дали целый куст фамилий: Костин, Костюков, Костюшин, Костюшкин. Костюшкинов — редкая ветвь этого гнезда, буквально означающая «потомок того, кто был Костюшкиным», то есть внук или правнук человека по прозвищу Костюшка.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны традиции «вторичного» образования фамилий на -инов: это Рязанская, Тамбовская, Воронежская области, а также Поволжье. Встречаемость фамилии крайне низкая — она не входит даже в список распространённых русских фамилий, что делает её ценным маркером для генеалогии: если вы носите Костюшкинову, скорее всего, ваши предки происходят из узкого круга крестьянских или мещанских родов одной конкретной волости.

Спорных версий у фамилии почти нет: корень прозрачен, и попытки связать её с тюркским костюк (кость) или с польским kostka (кубик, игральная кость) выглядят натяжкой — русская уменьшительная модель Костюшка от Константина слишком очевидна и подтверждается массой параллельных фамилий. Единственное, что может сбить с толку, — ударение: в самой фамилии оно обычно падает на второй слог (Костюшкинова), хотя в исходном имени Костюшка ударным был первый.