Фамилия Котченко — одна из тех, что рассказывает о человеке через прозвище или мирское имя, данное при рождении. В её основе лежит слово «кот», но пути, по которым оно могло стать фамилией, расходятся.

Самая прямая версия — мирское имя Котик. В дохристианской традиции имена от названий животных были распространены: считалось, что, назвав сына Котиком, родители передают ему черты этого зверя — ловкость, хозяйственность, умение приспосабливаться. Ребёнок как бы становился «своим» для природы, получая её покровительство. Но прозвище Котик могли дать и взрослому — добродушному, мягкому, довольному жизнью человеку. Иногда, впрочем, за этой мягкостью угадывалась хитринка, что тоже укладывается в кошачий характер.

Менее очевидная, но существующая гипотеза отсылает к глаголу «котяшить» — то есть «бить, колотить». В этом случае прозвище Котик мог получить человек с крутым нравом или, наоборот, тот, кого часто поколачивали. Эта версия спорная и менее популярна, но её стоит упомянуть: диалектная лексика иногда подкидывает неожиданные повороты.

Суффикс -енко — типичный для украинской и южнорусской ономастики. Он указывал на потомка: Котченко — буквально «сын Котика» или «маленький Котик». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в XVII–XVIII веках среди казачества и крестьянства Левобережной Украины. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые закрепляли принадлежность к главе семьи, украинские фамилии на -енко чаще фиксировали прозвище отца, не превращая его в притяжательное прилагательное.

Фамилия Котченко встречается в основном на территории современной Украины и в южных областях России, что подтверждает её региональное происхождение. Встречаются и однокоренные варианты — Котенко, Котиков, Котляров, но Котченко выделяется именно своей «уменьшительной» формой основы, которая смягчает звучание.