Фамилия Котепахов — один из тех редких случаев, когда основа слова поддаётся расшифровке почти сразу, но требует оговорки. В ней легко угадывается «котепах» — человек, который «котит» (валяет, мнёт, сбивает) пах (пряжу, кудель). Проще говоря, валяльщик войлока, шаповал или тот, кто занимался набивкой — изготовлением тёплой подкладки для одежды и обуви. Корень «пах» в этом значении (пряжа, пакля) давно вышел из обихода, но в диалектах сохранился: «пах» — это очес, отходы при прядении, которые шли на валяние.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Котепахов — буквально «сын Котепаха». Прозвище Котепах, скорее всего, было профессиональным. Так на юге России, в казачьих областях или в Поволжье могли назвать мастера по войлоку — человека, который «котил пах» (сбивал шерсть в плотную массу). Фамилия редкая, географически привязана к регионам, где было развито валяльное дело: Ростовская, Волгоградская области, Ставрополье.

Версия, что в основе лежит тюркское имя или прозвище, менее правдоподобна. Хотя компонент «пах» (бек, паша) встречается в тюркских фамилиях, первая часть «коте» не даёт убедительной параллели. Славянское ремесленное объяснение проще и надёжнее, к тому же полностью соответствует словообразовательной модели: глагол «котить» + существительное «пах» через соединительную гласную.

Фамилия не получила широкого распространения и не попала в дворянские родословные книги. Её носители — потомки ремесленников, крестьян или однодворцев, которые жили на южных окраинах России. Встречаются варианты написания Котипахов (от «котить»), но основной вариант — с буквой «е» в первом слоге — закрепился в документах.