Фамилия Коваенко — редкий случай, когда украинская фамилия образована не от названия профессии «коваль» (кузнец), а от прозвища, которое звучало иначе. На первый взгляд кажется, что перед нами типичный патроним на -енко (сын Коваля), но в украинской ономастике есть нюанс: если бы основой было слово «коваль», фамилия звучала бы как Коваленко, а не Коваенко. Выпадение «л» в середине слова — характерная черта некоторых западных и полесских говоров Украины, где «коваль» могли произносить как «ковай» или «кова» (с утратой согласного). Соответственно, Коваенко — это вариант, возникший в диалектной среде: от прозвища Ковай (или Кова) плюс суффикс -енко, указывающий на потомка.

Словообразовательная модель здесь простая, но нестандартная: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, самый массовый в украинской фамильной системе) присоединяется к основе, которая уже прошла через фонетическое сжатие. В отличие от фамилий типа Ковальчук (сын кузнеца) или Ковальский (производное от места), Коваенко не говорит напрямую о ремесле предка — он говорит о том, как его называли в быту. Вероятно, первый носитель прозвища Ковай был кузнецом, но окружающие сократили его прозвище до более короткой формы, что и закрепилось в фамилии.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины — Волыни, Подолью, а также к Полесью, где диалектное выпадение «л» встречается чаще. В России и Беларуси Коваенко встречается редко, обычно как след миграции из Украины в XIX–XX веках. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается параллельная форма Коваенков (с русским суффиксом -ов), но она не прижилась.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, насколько разнообразной может быть одна основа. Коваленко — самый частый вариант, Коваль — прозвище без суффикса, Ковальчук — с уменьшительным суффиксом, а Коваенко — диалектная ветвь, сохранившая живую народную фонетику. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из региона, где говор смягчал или «проглатывал» некоторые согласные, и были потомками человека, которого за глаза звали просто Коваем.