Фамилия Ковчужный — редкий случай, когда корень слова почти полностью сохраняет звучание старого русского ремесленного термина. В основе лежит слово «ковчуг» — так в древности называли кольчугу, доспех из металлических колец. Человек, делавший или носивший кольчугу, получал прозвище Ковчуг, а его потомки — фамилию Ковчужный.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -н- превращает существительное в прилагательное («относящийся к ковчугу»), а окончание -ый закрепляет форму притяжательного или относительного прилагательного, каким обычно становились фамилии из прозвищ. По типу это «патронимическая» фамилия, но не от имени, а от занятия: как Кузнечный, Стрелецкий, Пушкарный.

Интересная деталь: в русских говорах встречались варианты «ковчуг» и «ковчук», поэтому у фамилии есть однокоренные «родственники» — Ковчугов и Ковчук. Но Ковчужный выделяется тем, что суффикс -н- указывает не на прямую принадлежность (чей?), а на связь с предметом (какой?). Это могло означать, что предок не просто владел кольчугой, а был мастером-кольчужником — специалистом, которого в летописях называли «бронник» или «кольчужник». В XVI–XVII веках такие мастера работали в Оружейной палате и в городах, где стояли гарнизоны, например в Туле и Серпухове.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где кольчуги (ковчуги) были распространены дольше, чем на севере, из-за постоянных контактов со степью. В переписях XIX века Ковчужные встречаются в Курской, Харьковской и Воронежской губерниях, реже — на Дону. Это подтверждает ремесленное, а не боярское происхождение: фамилия осталась в среде посадских людей и казаков.

Спорных версий у Ковчужного практически нет. Изредка его связывают с диалектным «ковча» — крюк, багор, или с тюркским «ковчу» — пастух, но эти гипотезы слабы: ни фонетически, ни исторически они не объясняют суффикс -н-. Правдоподобнее всего — кольчужное дело, тем более что в старых документах встречаются прямые записи вроде «Ковчужный мастер» или «Ковчужных дел подмастерье».