Фамилия Ковнерова — женская форма, образованная от мужской Ковнеров, а та, в свою очередь, от прозвища или фамилии Ковнер. Основа здесь — слово «ковна» или «ковня». В старых русских говорах «ковня» означала кузницу (от глагола «ковать»). Соответственно, Ковнер — это кузнец, человек, который работает у горна и наковальни. Такая модель образования фамилии от названия ремесла через суффикс -ер (как Шорникер, Стекловар) встречается реже, чем привычные Кузнецов или Ковалёв, но она вполне логична: суффикс -ер пришёл в русские фамилии из немецкого и польского языков, где он обозначал деятеля.

Если же копать глубже, есть версия, что Ковнер могло быть не чисто русским прозвищем, а еврейской фамилией ашкеназского происхождения. В идише «ковнер» — это житель или уроженец литовского города Ковно (ныне Каунас). В таком случае фамилия Ковнеров означает «сын того, кто из Ковно», а суффикс -ов добавлялся уже на русской почве при адаптации документа. Обе версии имеют право на жизнь, но первая (кузнечная) кажется более универсальной: она объясняет фамилию без привязки к конкретному городу.

Встречается фамилия преимущественно в центральных областях России и на юге, где было развито кузнечное ремесло. Носительниц фамилии Ковнерова не так много, поэтому она сохраняет оттенок редкой, почти забытой — словно привет из тех времён, когда каждого человека определяло его дело.