Фамилия Ковнеров — редкий случай, когда суффикс и основа говорят о происхождении почти без разночтений. Это отчество от прозвища или профессионального названия Ковнер, которое, в свою очередь, восходит к слову «ковнарь» или «ковнер». В юго-западных говорах, особенно на территории современной Украины и Белоруссии, так называли кожевника, мастера по выделке кож (от «ковна» — кожа, шкура). Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном кожевника — Ковнера.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Но есть и любопытная лингвистическая деталь. В отличие от более распространённых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Столяров, основа Ковнер не имеет широкого распространения в центральной России. Она тяготеет к западу, к регионам, где смешивались русские, украинские и еврейские языковые традиции. В некоторых диалектах слово «ковна» могло означать не только кожу, но и грубую ткань или даже мешок, что добавляет прозвищу оттенок «мешочник» или «торгаш мешками», но это менее вероятная версия.

Стоит упомянуть и возможное еврейское происхождение фамилии. В идише «ковнер» означает «житель или уроженец города Ковно» (ныне Каунас). Фамилии на -ер (Ковнер, Вильнер, Лодзер) типичны для ашкеназских евреев, а добавление русского суффикса -ов нередко происходило при адаптации в Российской империи, особенно в черте оседлости. Так что Ковнеров мог быть потомком человека, переехавшего из Ковно в более восточные губернии, и чью фамилию «обрусели» через патронимический суффикс.

В любом случае, географическая привязка у фамилии узкая. Она почти не встречается в сибирских или северных переписях XIX века, зато фиксируется в Подольской, Волынской и Киевской губерниях. Это не аристократическая фамилия — её носители были либо ремесленниками-кожевниками, либо выходцами из литовско-еврейского местечка, которые осели на юго-западе империи. Сегодня она остаётся редкой, и её обладатели почти наверняка имеют корни в этом регионе.