Фамилия Ковникова — женская форма фамилии Ковников, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «ковник», и это слово напрямую указывает на ремесло. В старину ковником называли кузнеца, мастера по ковке металла. Корень «ков-» (от «ковать») тот же, что в словах «коваль», «ковка», «подкова». Таким образом, первый носитель фамилии Ковников был, скорее всего, кузнецом, или, в более широком смысле, ремесленником, работавшим с металлом.

Суффикс «-ник» в русских прозвищах и фамилиях типичен для обозначения человека по его занятию: охотник, рыбник, плотник. Форма «ковник» — не самая распространённая, чаще встречалась фамилия Кузнецов или Ковалёв, но именно этот вариант сохранил более архаичное и прямое указание на действие. Географически фамилия Ковников встречается в центральных и северных регионах России, где кузнечное дело было особенно развито, а местные говоры сохраняли слово «ковник» вместо более привычного «кузнец».

В отличие от фамилий на «-ов», образованных от названия отца (чей сын?), модель с суффиксом «-ник» могла закрепиться как прозвище самого мастера, а уже потом, по патронимическому принципу, перейти к его детям. Поэтому Ковниковы — потомки человека, которого в деревне знали как Ковника, то есть кузнеца. Фамилия недвусмысленная и прозрачная: она не таит загадок имени или географического названия, а прямо говорит о родовом занятии.