Фамилия Коворотная — редкий пример, где в основе лежит не имя, не профессия, а ударение. В русских фамилиях на -ой (КоворотнОй) ударение падает на окончание, в варианте на -ая (КоворОтная) — на корень. Обе формы означают одно и то же, но принадлежат к разным грамматическим типам: первая — типично севернорусская или донская, вторая — общеупотребительная, появившаяся при переписях как калька с «Коворотной» в женском роде.

Корень — «коворот» — диалектное слово, известное в курских, орловских, воронежских говорах. Коворотом называли воротник, особенно стоячий или вышитый, а также сам ворот рубахи. В переносном смысле так могли прозвать человека, который носил одежду с необычным, заметным воротом, или того, кто шил такие воротники — портного-скорняка. Слово образовано от «ковырять» и «ворот»: буквально «то, что ковыряют, протыкают для пуговиц или застежек».

В фамилиях на -ной и -ая часто закреплялась не профессия, а внешняя примета. Коворотный — «человек с коворотом», то есть владелец или любитель особого ворота. В документах XVII–XVIII веков встречаются прозвища Коворот, Ковороток, которые позднее стали фамилиями. Судя по географии говоров, предки носителей фамилии жили в черноземной полосе России, где слово было в ходу, и могли быть крестьянами или ремесленниками.

Есть и другая версия, менее вероятная: связь с глаголом «коворотить» — переворачивать, выворачивать. Тогда прозвище могло относиться к человеку с неспокойным, «вывернутым» характером. Но в говорах этот глагол редок, а «коворот» как предмет одежды — массовое явление, поэтому первое объяснение убедительнее.

Фамилия Коворотная — женская форма, и в старых списках она могла писаться через «а» только у женщин, тогда как мужчины числились Коворотными или Коворотновыми. Сегодня встречаются оба варианта, и они не указывают на разное происхождение, а лишь на то, как фамилия была записана при паспортизации в XX веке.