Фамилия Ковыкина — женская форма фамилии Ковыкин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Ковыка. В основе лежит диалектный глагол «ковыкать» — так в ряде русских говоров (особенно южных и рязанских) говорили о человеке, который ходит медленно, прихрамывает или семенит, то есть «ковыляет». Слово звукоподражательное, родственное «ковылять» и «ковыль» (трава, которая колышется, «ковыляет» на ветру). Таким образом, первый носитель прозвища Ковыка мог получить его за походку: хромоту, неуклюжесть или, наоборот, за манеру мелко перебирать ногами.

Модель образования простая и типичная для русского севера и центра: прозвище на -а (Ковыка) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Ковыки». Фамилия Ковыкин фиксируется в переписях XVII–XVIII веков, например в Вологодской и Вятской губерниях, что указывает на её севернорусское происхождение. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «ковыка» — это не человек, а инструмент, нечто вроде кочерги или загнутого крюка. Если так, то прозвище могло перейти на кузнеца или плотника, работавшего с изогнутыми деталями. Но эта версия слабее: следов такого значения в письменных источниках почти нет, тогда как «ковыкать» в значении «хромать» встречается в диалектных словарях повсеместно.

Примечательно, что фамилия Ковыкина не имеет отношения к слову «ковыль» (степная трава), хотя внешнее сходство есть. Ковыль — слово тюркского происхождения, а корень «ковык» — исконно славянский, с той же основой, что и «кавычки» (от «кавыкать» — запинаться, делать знак крючком). Так что если вы встретили Ковыкину на Урале или в Поволжье, скорее всего, её предок был человеком с характерной походкой — неспешным или прихрамывающим. Сословного барьера у фамилии не было: Ковыкины встречались и среди крестьян, и среди мещан, а в XIX веке — даже в купечестве, но массового дворянского рода не образовали.