Фамилия Ковыркина — женская форма фамилии Ковыркин, а она в свою очередь образована от прозвища или мирского имени Ковырка. В основе лежит глагол «ковырять». В русских говорах у этого слова был широкий спектр значений: от «делать углубление, расковыривать» до «медленно, кропотливо работать», «возиться с чем-то мелким». Человек с прозвищем Ковырка мог быть либо дотошным, неторопливым мастером, либо, наоборот, тем, кто постоянно «ковыряется», что-то поправляет, чинит.

Модель образования типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -к- в основе прозвища, затем патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ковырки). Фамилии на -ин в этой зоне часто давались по прозвищам, а не по крестильным именам, что говорит о нецерковном, бытовом происхождении.

Интересно, что в некоторых диалектах слово «ковырка» имело и конкретное ремесленное значение — так могли назвать сапожника, который «ковыряет» шилом, или портного, работающего иглой. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «ковыряло» в значении «плохой портной», «кустарь». Поэтому не исключено, что предок носительницы фамилии был ремесленником, занимавшимся мелким починкой одежды или обуви.

Встречается и более редкая версия: связь с глаголом «ковырять» в значении «выковыривать, добывать что-то с трудом». Тогда прозвище могло закрепиться за старательным, но небогатым крестьянином. Сословная принадлежность Ковыркиных, судя по географии фамилии (в основном Архангельская, Вологодская, Кировская области), — преимущественно крестьяне и посадские люди.

Фамилия не является дворянской или распространённой в высших слоях, что подтверждает её «ремесленный» или бытовой корень. В XX веке встречается в разных регионах, но сохраняет северорусский след.