Фамилия Койчукеева — женская форма фамилии Койчукеев, и её происхождение ведёт к тюркскому миру, скорее всего, к киргизской или казахской среде. Основа фамилии — имя или прозвище Койчуке, которое состоит из двух частей: «кой» (баран, овца) и «чуке» (уменьшительно-ласкательный суффикс). В тюркских языках «койчу» означает «овцевод» или «пастух овец», а «чуке» придаёт форме ласкательный или уменьшительный оттенок. Таким образом, Койчуке — это либо уменьшительное от имени Койчу (пастух), либо прозвище, данное человеку, который пас овец или как-то иначе был связан с этим занятием.

Модель образования фамилии типична для тюркских народов: к основе на гласный добавлялся русский суффикс -ев, который в XIX–XX веках часто оформлял фамилии при переходе в русскоязычный документооборот. Окончание -а указывает на женский род, то есть носительница фамилии — женщина, дочь или жена Койчукея. Мужская форма, Койчукеев, образована по тому же принципу.

Стоит отметить, что фамилия редкая и имеет чёткую региональную привязку. Основная масса носителей сосредоточена в Кыргызстане, особенно в южных регионах, где традиционно развито овцеводство. В России фамилия встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев из Средней Азии. Сословной принадлежности не прослеживается: Койчукеевы могли быть как вольными скотоводами, так и зависимыми крестьянами, но не относились к знати — тюркские фамилии с «ремесленной» основой редко указывают на аристократическое происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Койчукеев стоит в одном ряду с Койчиевым, Койчубаевым, Койгельдиевым. Все они восходят к имени или прозвищу с корнем «кой», что подчёркивает связь с овцеводством как основой хозяйства кочевников. Встречаются варианты написания с буквой «ё» (Койчукёев), но это скорее ошибки паспортистов, так как в киргизском языке звук «ё» нехарактерен.