Фамилия Койпан — редкий случай, когда основа не татарская и не тюркская, как может показаться на слух, а, скорее всего, финно-угорская. В русском ономастиконе фамилии с окончанием «-ан» часто указывают на западное или северное происхождение, и Койпан — не исключение.

Корень «койп-» практически не встречается в славянских языках. Самая вероятная версия — связь с прибалтийско-финскими языками, в частности с карельским или вепсским. Сравните с карельским словом «koipa» — «изгиб», «кривизна», или с диалектным «koipu» — «нога» (в значении «голень», «берцовая кость»). Прозвище Койпа могли дать человеку с характерной походкой, кривыми ногами или, возможно, хромоте. Суффикс «-ан» в таких прозвищах (как в фамилиях Лобан, Пузан) указывал на носителя яркого признака: «Койпан» — тот, у кого заметные, «койпые» ноги.

Менее вероятна, но допустима версия от балтийского корня. В литовском есть слово «kaip» — «как», «подобно», но это скорее наречие, а не основа для прозвища. Спекулятивная тюркская версия (от «кой» — овца, «пан» — господин) лингвистически несостоятельна: такое словосложение не свойственно тюркской модели образования личных имён.

Географически фамилия Койпан тяготеет к северо-западу России — к Карелии, Ленинградской и Вологодской областям, где в XV–XIX веках активно шёл процесс русификации карельских и вепсских фамилий. Встречается она и у коми-пермяков, но там, скорее всего, независимое образование от местных диалектных слов.

Сословно носители фамилии Койпан — это, как правило, государственные крестьяне или однодворцы. В дворянские родословные книги эта фамилия не попадала, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение. Носитель такой фамилии в XVI–XVII веках мог быть крестьянином или посадским человеком в Олонецком крае, а его прозвище закрепилось за потомками без изменений, без типичного русского суффикса «-ов». Именно отсутствие патронимического суффикса — ключевая деталь: фамилия застыла в той форме, в которой её дали первому носителю.