Фамилия Койдан происходит от названия аула Койдан в Усть-Джегутинском районе Карачаево-Черкесии. Этот аул основали в 1921 году выходцы из соседнего селения Красный Восток. Само название «Койдан» переводится с абазинского как «брошенные земли». Жители аула говорят на тапантинском диалекте абазинского языка. Таким образом, фамилия — не прозвище и не от имени предка, а топонимическая: её получили те, кто был родом из этого места. Такая модель образования встречается у многих народов Кавказа: человека называли по названию родного села или аула, и это становилось наследственной фамилией.

В русских документах фамилия Койдан закрепилась относительно поздно, в XX веке, вместе с паспортизацией населения. До этого абазины пользовались родовыми именами, которые не всегда фиксировались в метриках. Интересно, что окончание на -ан характерно для абазинских и адыгских фамилий (сравните: Адзындан, Тлистан), но в случае Койдан оно совпало с основой названия аула. Других версий происхождения, например, от тюркского личного имени или от профессии, нет — географическая привязка здесь единственная и хорошо документированная.

Сегодня носители фамилии Койдан живут не только в Карачаево-Черкесии, но и в других регионах России — это результат миграций середины XX века. Фамилия редкая, её не встретишь в массовых списках, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, ваши корни почти наверняка ведут к тому самому аулу в верховьях Кубани.