Фамилия Кейдан — редкий случай, когда корень не поддаётся однозначной этимологии в рамках славянских языков. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который указывал бы на отчество от крестильного имени или прозвища. Самая вероятная версия — еврейское происхождение, от названия литовского города Кейданы (ныне Кедайняй). В Российской империи евреям часто давали фамилии по месту жительства или происхождения, особенно в XIX веке, после введения обязательных фамилий для всего еврейского населения. Такую фамилию мог получить выходец из этого города, а вариант Кейдан — это адаптированная форма исходного топонима.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слова, близкие по звучанию к «кейдан» — например, «кайдан» или «кейдан», означающие цепь, оковы или кандалы. В таком случае прозвище Кейдан мог получить человек, имевший отношение к изготовлению цепей, либо, в переносном смысле, упрямый или несговорчивый. Однако эта версия слабее, так как фамилии с однозначно тюркским корнем «Кейдан» почти не встречаются в зонах активного тюрко-славянского контакта (Поволжье, Крым, Кавказ), где они были бы логичны.

Суффиксальная модель фамилии — нулевая, то есть основа совпадает с самой фамилией. Такие фамилии (Кейдан, Коган, Либерман) характерны для поздних искусственных фамилий, которые не образовывались через патронимический суффикс, а фиксировали прозвище или топоним в неизменном виде. В польском и белорусском ономастиконе встречается схожая фамилия Кейдан (Kejdan), но там она чаще всего связана с тем же литовским топонимом, что подтверждает географическую привязку к бывшему Великому княжеству Литовскому.

Сословная принадлежность носителей фамилии Кейдан не определяется однозначно. Если верна еврейская версия, то предки были мещанами или ремесленниками, жившими в местечках. Если же фамилия славянская (как вариант, от диалектного прозвища), то носители могли быть крестьянами или однодворцами. В любом случае, фамилия — чёткий маркер того, что предки жили на стыке культур, в регионе, где смешивались литовские, польские, еврейские и славянские влияния.