Фамилия Койдин — редкая и морфологически прозрачная, хотя её корень вызывает вопросы. Она образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Койдин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Койда. Основа здесь не фамилия, а личное именование, и именно в его происхождении кроется главная загадка.

Самый вероятный путь — от прозвища Койда, которое могло возникнуть из диалектного слова «койда» или «койдо». В северных русских говорах, особенно в архангельских и поморских, «койда» — это тихий, смирный человек, иногда с оттенком простоватости. В других областях слово фиксировалось в значении «неповоротливый, мешковатый». Таким образом, предок носителя фамилии мог получить прозвище за характер или манеру поведения. Альтернативная версия — связь с финно-угорскими языками: в коми «койд» означает «котёл» или «котел», а в карельских диалектах «koita» — «дом, жильё». Это объяснимо, учитывая, что фамилия встречается в регионах Русского Севера, где издавна соседствовали славянские и финно-угорские племена. Однако прозвищная версия от русского диалектного слова выглядит предпочтительнее, так как фамилия следует типичной русской модели на -ин, а не заимствованным окончаниям.

Суффикс -ин в фамилии Койдин — не самый распространённый, но и не уникальный: он характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В этом смысле Койдин стоит в одном ряду с Путятиным, Репиным, Строгановым (хотя там суффикс -ов). Интересно, что фамилия могла закрепиться в форме Койдин, а не Койдов, что как раз и указывает на исходное прозвище Койда, а не на имя Койд (которое дало бы Койдов).

Географически фамилия Койдин редка, но встречается в основном на севере европейской части России: в Архангельской области, в Карелии, а также в Сибири — следствие переселений поморов в XVII–XIX веках. В документах XVII века можно найти упоминания крестьян с такой фамилией в Кеврольском и Мезенском уездах, что подтверждает её северное происхождение. Социально это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия, без дворянских корней: суффикс -ин в таких фамилиях не указывает на знатность, в отличие от -ов у боярских родов.

Койдины — это, скорее всего, потомки северного крестьянина или рыбака, которого в деревне прозвали Койдой за спокойный нрав или, наоборот, за медлительность. Фамилия сохранила в себе местное слово, которое сегодня почти вышло из употребления, и тем ценна для диалектологов и историков языка.