Фамилия Койбин — одна из тех, где за привычным русским окончанием -ин скрывается неожиданная география и редкое ремесло. Её основа — прозвище Койба, а вот откуда оно взялось, спорят до сих пор.

Самая убедительная версия ведёт на Русский Север, в архангельские говоры. Там словом «койба» называли выделанную шкуру с оленьих ног, а также сапоги, сшитые из этой шкуры. Слово пришло из карельского языка: koibi — это «бедро, ляжка» или «мех на ноге животного». Если предок получил прозвище Койба, он, скорее всего, занимался выделкой шкур или шил из них обувь. Такое ремесло было жизненно важно в северных условиях, и мастер мог получить имя по своему товару.

Есть и другая гипотеза, но она слабее. Согласно ей, Койба — это прозвище по этнической принадлежности: так называли представителя татарского племени койба, которое жило в Енисейской губернии. Однако для закрепления такого прозвища в севернорусской среде, где фамилия и встречается чаще всего, нужны были бы тесные контакты, которые не очевидны. Поэтому первая версия — ремесленная — выглядит правдоподобнее.

Сама фамилия образована по простой и древней модели: к прозвищу на -а добавили притяжательный суффикс -ин. Койбин — значит «сын Койбы», «из дома Койбы». Такое окончание типично для фамилий, возникших в новгородских и северных землях, что косвенно подтверждает северное происхождение прозвища.