Фамилия Кожабеков образована от личного имени Кожабек, которое в тюркской и мусульманской среде было формой пожелания мальчику высокого положения. Имя Кожабек, скорее всего, выступает диалектным вариантом более известного имени Казибек (встречаются также формы Кожебек, Кожибек, Кажибек). В таком случае основа распадается на две части: «кази» — «судья» и «бек» — «господин, богатый человек». Имя буквально обещало своему носителю судейскую власть и материальную независимость.

Впрочем, существует и вторая гипотеза, которая выводит первую часть имени не от «кази», а от арабского «кажым» — «почет, уважение». Тогда Кожабек означает не «судья-господин», а «уважаемый, почтенный господин». Обе версии сходятся в главном: родители, нарекая сына Кожабеком, желали ему стать справедливым, обеспеченным и уважаемым человеком.

Сама фамилия построена по русской модели патронимии: к основе Кожабек добавили суффикс -ов, который в русском языке указывал на принадлежность («чей?» — Кожабеков). Фамилия закрепилась в среде, где тюркские имена соединялись с русским документооборотом, — вероятнее всего, у казахов или других тюркских народов, входивших в состав Российской империи. Примечательно, что написание через «о» в первом слоге (Кожабеков) выдает региональную или диалектную особенность произношения: в литературном казахском то же имя чаще звучало бы как Казбек или Кажибек. Эта орфографическая деталь — не ошибка, а живой след того, как имя звучало в конкретной местности.