Фамилия Коженцев образована от прозвища или нецерковного имени Коженец. В основе этого прозвища лежит слово «кожа» — в древнерусском языке так называли и выделанную шкуру животного, и кожаное изделие, и даже кожное заболевание. Скорее всего, прозвище Коженец давали человеку, чья работа была связана с кожей: кожевнику, скорняку, шорнику или сапожнику. В славянской среде ремесленные прозвища часто переходили в фамилии, и Коженцев — один из таких примеров.

Модель образования фамилии — типичная для русского Севера и центральных областей. Суффикс -ец указывал на принадлежность к месту или роду занятий (сравните: кузнец, тверец, рязанец). Затем к основе Коженец прибавили патронимический суффикс -ев, что буквально означало «сын Коженца». Такой способ словообразования характерен для фамилий, которые закрепились в XV–XVII веках, когда на Руси активно формировались родовые имена.

Географически фамилия Коженцев встречается в основном в центральной России и Поволжье, реже — на Урале. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии записаны среди крестьян и мещан. Дворянских ветвей Коженцевых не прослеживается — это фамилия преимущественно простого сословия, что подтверждает её ремесленное происхождение.

Стоит отметить, что фамилия Коженцев — не единственная в своём гнезде. Рядом стоят Кожевников, Кожин, Кожанов, Кожухов. Но если Кожевников прямо указывает на мастера по выделке кожи, то Коженцев — более редкий вариант, который мог относиться и к владельцу кожаных изделий, и к человеку с характерной внешностью (например, с грубой или тёмной кожей). Однозначного ответа здесь нет, но ремесленная версия выглядит убедительнее, так как прозвища по профессии в русской ономастике встречаются в разы чаще, чем прозвища по внешнему признаку.