Фамилия Коженцева — женская форма фамилии Коженцев, и её разбор стоит начать с неочевидного на первый взгляд корня. Вопреки интуитивному желанию связать её со словом «кожа» (кожевник, кожух), основа здесь другая. В русских говорах и в старинных документах фиксируется слово «кожан» — так называли не только изделие из кожи, но и летучую мышь (кожан обыкновенный). Однако прозвище Кожан или Кожень чаще давали не за сходство с животным, а по роду занятий: кожаном могли называть мастера, выделывающего кожи, или торговца кожаными товарами. Уменьшительная форма Коженец (от Кожан через суффикс -ец) и дала основу фамилии.

Суффикс -цев в окончании указывает на модель образования, типичную для южнорусских и западнорусских земель: фамилии на -цев (как Коженцев, Борзенцев, Гусевцев) чаще встречаются в Курской, Орловской, Воронежской губерниях и на территории современной Украины. В отличие от московской модели -ов/-ев, где ударение часто падает на окончание, в фамилиях на -цев оно обычно остаётся на основе: Кóженцев. Это косвенно подтверждает, что носители фамилии происходят из регионов, где был распространён именно такой способ образования отчеств от прозвищ на -ец.

Само прозвище Коженец могло означать не только «сын Кожана», но и человека, имевшего отношение к кожаному делу в малом масштабе — например, подмастерье или мелкого ремесленника. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Кожан (в том числе в рязанских и тульских землях), но форма Коженец фиксируется реже, что делает фамилию Коженцев относительно редкой. Её вариант Коженцева, соответственно, принадлежит к числу фамилий, не получивших массового распространения и сохранивших более узкую географическую привязку.

Стоит упомянуть, что существует омонимичная фамилия Кожанцев, образованная напрямую от Кожанец (с тем же значением), но с другим суффиксальным оформлением. Коженцева — не опечатка и не искажение, а самостоятельная ветвь, где исходное прозвище было именно Коженец. Таким образом, предки носительницы этой фамилии с высокой вероятностью жили в чернозёмной полосе России и занимались кожевенным ремеслом — одним из самых распространённых в тех краях в допетровскую эпоху.