Фамилия Кожохин образовалась от прозвища Кожоха — так в старину называли человека, связанного с изготовлением или продажей кожухов. Кожухом на Руси называли тулуп из овчины, поэтому прозвище чаще всего получал портной или скорняк, который шил такую одежду. Однако у слова «кожух» было и другое значение: так именовали округлую покрышку, свод, навес над очагом или даже футляр для часов. Значит, Кожохой могли прозвать и мастера, делавшего подобные изделия. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Кожохин означает «сын Кожохи», то есть потомок человека с таким прозвищем.

В исторических документах встречаются родственные именования: Иван Григорьевич Кожух Кроткого был дьяком в 1557 году, а Иван Александрович Кожухов упоминается в 1505 году на Волоке Ламском. Эти записи показывают, что прозвище Кожух бытовало в служилой среде и могло передаваться по наследству, превращаясь в фамилию. Фамилия Кожохин — редкая, она сохранила древнюю форму с чередованием «х» и «ш» (кожух — Кожоха), что типично для северных и центральных русских говоров. Таким образом, предки носителей этой фамилии с большой вероятностью были ремесленниками, работавшими с кожей или изготавливавшими укрытия и футляры.