Фамилия Кожоев образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ев. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й, и означал он принадлежность: «сын Кожоя» или «потомок Кожоя». Сама основа Кожой — это, скорее всего, вариант тюркского имени или прозвища Кожай, которое в свою очередь восходит к слову «кожа» (в тюркских языках — «господин», «хозяин», «наставник»). Встречаются и другие написания: Кожаев, Кожай.

В русском контексте фамилия Кожоев могла возникнуть на территориях, где русские переселенцы контактировали с тюркоязычными народами — в Поволжье, на Урале, в Сибири или в казахских степях. Прозвище Кожой давали человеку, который чем-то напоминал хозяина или старшего: был степенным, богатым, либо занимал должность, связанную с управлением. Не исключено, что в основе лежит и слово «кожа» в значении «шкура» — тогда прозвище мог получить кожевник или торговец кожами, но эта версия менее вероятна: ударение в фамилии падает на второй слог, что характерно для тюркских заимствований.

Встречаемость фамилии невысокая, она не входит в число массовых русских фамилий. Основные очаги бытования — Киргизия и южные регионы России, где заметно тюркское влияние. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьяне и казаки получали фамилии по прозвищам отцов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кожин, Кожевников — показывает разницу в происхождении: Кожин и Кожевников однозначно связаны с ремеслом (кожевник, от слова «кожа»), а Кожоев стоит особняком, уходя корнями в тюркскую антропонимику. Таким образом, носитель фамилии Кожоев, скорее всего, ведёт род от человека, которого в тюркской среде называли уважительно — Кожой, то есть господин или наставник.