Фамилия Кожукару — редкий для России случай, когда исконно русское по сути прозвище записано в молдавской (румынской) словообразовательной модели. В Молдавии и Румынии суффикс -aru (или -ar) — один из главных «профессиональных» показателей, примерно как русское -арь в словах пекарь, псарь, звонарь. Соответственно, Кожукару — это «кожухарь», то есть скорняк, мастер по выделке кож или изготовлению кожухов (овчинных тулупов).

Основа кожук (кожух) в славянских языках означает тулуп из овчины, короткую шубу мехом внутрь. В древнерусском языке слово известно с XI века. Человек, шивший или торговавший такой одеждой, получал прозвище Кожух, а его потомки на восточнославянских землях стали бы Кожуховыми или Кожухарями. Но если носитель жил на территории, где фамилии оформлялись под влиянием румынского языка (Бессарабия, Буковина, юг Украины, Молдавия), то суффикс сменился на -aru, и прозвище застыло как Кожукару.

Встречается фамилия в основном среди молдаван и украинцев Черновицкой и Одесской областей, а также в самой Молдавии. В России она редка и чаще всего указывает на миграцию из этих регионов в XX веке. Не стоит путать её с похожей русской фамилией Кожухаров — там суффикс -ов, и она образована от прозвища Кожухарь по той же модели, что и Кузнецов, Плотников.

Таким образом, Кожукару — это не что иное, как южнорусская, украинская или молдавская запись ремесленного прозвища скорняка. Предок, скорее всего, был мастером по овчинам, и фамилия прямо говорит о его занятии, без тёмных или спорных корней.