Фамилия Кожушкины образована от прозвища Кожушка. Основа здесь — не имя, а название предмета одежды: кожух, то есть тулуп из овчины, шуба мехом внутрь. Прозвище Кожушка могли дать портному-кожухарю, который такие тулупы шил, — это «профессиональное» именование, одно из самых распространённых в русской фамильной модели. Реже прозвище мог закрепиться за человеком, который постоянно носил кожух или торговал ими.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Кожушкин, то есть сын, потомок Кожушки. Это типичная патронимическая модель, характерная для центральных и северных регионов России. В южных областях чаще встречались бы формы на -ов (Кожушков), но именно вариант с -ин говорит о древнерусской, а не украинской или белорусской основе.

Фамилия редкая, не частотная. В современных справочниках она не привязана к конкретному дворянскому роду или известной исторической личности. По данным переписей, Кожушкины встречаются разрозненно — в Поволжье, на Урале и в Сибири, что типично для фамилий, возникших в среде крестьян и ремесленников: кожухари были нужны везде, но сословно оставались в податных слоях.

Однокоренные фамилии — Кожухов, Кожухарь, Кожушков, Кожушин — подтверждают, что корень «кожух» был продуктивным в ономастике. Разница в суффиксах отражает местные говоры и диалектные особенности: где-то кожухом называли не только тулуп, но и верхнюю одежду вообще, а также чехол, футляр. Если предок жил в регионе, где «кожух» означало ещё и «кожаную сумку», прозвище могло относиться к кожевнику или шорнику.

Точное время возникновения фамилии не установлено. Процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл с XV по XVII век, и Кожушкины могли оформиться в этот период. Но без привязки к конкретному уезду или писцовой книге датировка остаётся предположительной.