Фамилия Кожушков — один из ярких примеров «профессиональных» прозвищ, перешедших в наследственные именования. В её основе лежит слово «кожушок» — уменьшительная форма от «кожух», то есть тулуп или полушубок из овчины. Соответственно, прозвище Кожушок в старину давали не тому, кто носил такой тулуп, а тому, кто его шил — кожухарю, скорняку или портному, работавшему с овчиной.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к основе на -ок прибавился патронимический суффикс -ов, означающий «сын Кожушка». В документах XV–XVII веков нередко встречаются записи «Кожушок» как самостоятельное прозвище, и лишь позже оно закрепилось в форме Кожушков. Интересно, что в некоторых говорах «кожушком» могли называть не только одежду, но и небольшой кожаный мешок или кошель — это добавляет версию о прозвище, данном бережливому или запасливому человеку, но она менее распространена.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где овчинное ремесло было особенно развито. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Курской, Воронежской и Полтавской губерниях. В отличие от фамилий на -ин (вроде Кожушкин), форма Кожушков указывает на более позднее закрепление прозвища, когда суффикс -ов уже стал доминирующим в русской антропонимии.

С точки зрения словообразования, фамилия Кожушков стоит в одном ряду с такими же ремесленными прозвищами, как Тулупов, Шубников, Полушубков. Но если те фамилии образованы от названия готового изделия, то Кожушков сохранил именно уменьшительную форму — возможно, прозвище дали молодому подмастерью или сыну мастера.