Фамилия Кожушкова чаще всего образована от прозвища Кожушок — так в старину могли называть мастера, который шил кожухи, то есть верхнюю одежду из овчины или другого меха. Кожух — слово древнее, общеславянское, и означало не просто тулуп, а именно меховую шубу кожей наружу. Человек, носивший такое прозвище, мог быть скорняком, портным или просто владельцем приметного кожуха, который стал его отличительной чертой.

Суффикс -ов- в основе Кожушков указывает на типичную русскую модель образования: сначала появлялось прозвище Кожушок, а затем от него — фамилия в форме притяжательного прилагательного, отвечающего на вопрос «чей?». То есть Кожушков — сын или потомок Кожушка. Женская форма Кожушкова — естественное грамматическое окончание для носительницы этой фамилии.

Встречается и более редкая версия: в некоторых говорах «кожушком» называли не одежду, а небольшой кожаный мешок или кошель. Тогда прозвище могло относиться к человеку запасливому или, наоборот, скупому. Однако основное значение, связанное с ремеслом, выглядит убедительнее: профессии давали прозвища гораздо чаще, чем бытовые предметы.

Фамилия Кожушкова не принадлежит к числу самых распространённых, но встречается в разных регионах России, особенно в центральных и южных областях, где овцеводство и выделка кож были традиционными промыслами. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с фамилией Кожушков, что говорит о её давней истории, а не о дворянском происхождении. В целом, фамилия прозрачна по смыслу и хорошо сохранила связь с конкретным занятием предков.