Фамилия Кожушкин образована от прозвища Кожушка. В основе лежит старая модель, когда человека называли по предмету его труда или по характерной детали одежды. Скорее всего, Кожушкой называли кожухаря — мастера, который шил кожухи, то есть тулупы из овчины. Прозвище закрепилось за предком, а его потомки стали Кожушкиными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кожушки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Такая форма говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где было принято называть человека по отцу или по прозвищу главы семьи.

Интересно, что слово «кожух» в русских говорах имело и другие значения. В некоторых регионах кожухом называли не только шубу, но и верхнюю часть печи, а также чехол или футляр для инструмента. Однако для фамилии Кожушкин наиболее вероятна связь именно с ремеслом: прозвище Кожушка мог получить либо сам портной, либо человек, который постоянно носил кожух и тем выделялся среди других.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кожухов, Кожухарёв, Кожушков. Все они отталкиваются от одного корня, но разные суффиксы и окончания указывают на разные пути образования. Кожушкин стоит особняком — уменьшительная форма прозвища на -ка говорит о бытовом, «домашнем» происхождении.

По сословной принадлежности Кожушкины могли быть как крестьянами, так и ремесленниками. Точных данных о географии фамилии нет, но логично предположить, что она чаще встречалась в северных и центральных губерниях России, где овчинное дело было распространено.