Фамилия Козликина образована от нецерковного личного имени Козлика. В древнерусской традиции такие имена, как Волк, Белка, Соловей или Козлика, давали ребёнку с практической целью: родители хотели, чтобы природа воспринимала младенца как своего, чтобы к нему перешли полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного мира. В данном случае имя Козлика относится к так называемым «охранительным» именам — надеясь вырастить красивого и здорового ребенка, родители выбрали это прозвище.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Козлик- добавили патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Козлики). Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов на юге и востоке. Сама основа Козлика — это уменьшительная форма от «козёл» или «коза», причём суффикс -ик- в данном случае не столько уменьшал, сколько давал ласкательно-бытовое прозвище, которое могли дать человеку за какую-то черту: упрямство, резвость, бородку или просто за манеру поведения.

Интересно, что у этой фамилии есть однокоренные «родственники»: Козлов, Козловский, Козин, Козляков. Но Козликин стоит особняком из-за редкого суффикса -ик- в основе. Если Козловых по России — сотни тысяч, то Козликиных — единичные случаи, что говорит о локальном бытовании фамилии, возможно, в пределах одной-двух губерний. Точное место и время возникновения рода Козликиных можно установить только через генеалогические исследования, но сам тип фамилии (мирское имя + -ин) указывает на её древность: такие фамилии складывались в XV–XVII веках, ещё до массового закрепления фамилий за крестьянством после отмены крепостного права.